继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：爱德华·费尔南德斯 梅根·蒙塔内尔 米格尔·安赫尔·西尔维斯特 弗兰克·费斯 保罗·吉亚玛提 苏林·海尔鲁普 Colin Morgan 纳瓦·尼姆利 吉米·肖
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演员：妮可·基德曼 梅丽莎·麦卡西 迈克尔·珊农 卢克·伊万斯 阿什·凯迪 萨玛拉·维文 梅尔文·格雷格 蒂凡尼·布恩 曼尼·贾希尼托 格蕾丝·范帕滕 Zoe Terakes 雷吉娜·赫尔 鲍比·坎纳瓦尔 艾莉拉·布朗 伊莎贝尔·考尼什 本·法尔科内 Angie Diaz 达米安·加维 马修奥肯 杰克·莱恩 琼·黛安·拉斐尔 克雷格·英汉姆
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